Centrum pro dokumentaci majetkových převodů kulturních statků obětí II. světové války bylo ustaveno k 1. 11. 2001 na základě rozhodnutí Smíšené pracovní komise (vytvořené usnesením Vlády České republiky ze dne 25. 11. 1998 č. 773), které předsedal místopředseda vlády JUDr. Pavel Rychetský. Komise ukončila svou působnost 15. 5. 2002 a Centrum jednak navazuje na činnost jejího expertního týmu, který pracoval na objasnění historických a hospodářských otázek arizace židovského majetku (hlavně uměleckého charakteru), zároveň však rozšiřuje svou náplň práce především o důkladný heuristický výzkum v našich i zahraničních archivech a o průzkum přírůstkových a inventárních knih jednotlivých muzeí a galerií, umožněný pracovníkům Centra díky úzké spolupráci s MK ČR.Usnesením Vlády České republiky (ze dne 1. 11. 2006 č. 1249) byla činnost Centra prodloužena do konce roku 2011.Náplň práce a činnost Centra byla schválena v usnesení Vlády České republiky ze dne 22. 1. 2003 č. 87 o “Koncepci účinnější péče o movité kulturní dědictví v České republice na léta 2003–2008 (koncepce rozvoje muzejnictví)” pod bodem II.3.5.

Do konce roku 2011 bylo Centrum pro dokumentaci součástí vědecké základny Akademie věd České republiky.

Vládním usnesením č. 683 ze dne 14. září 2011 byl statut Centra změněn na obecně prospěšnou společnost, která následně vznikla 6.února 2012 jako Centrum pro dokumentaci majetkových převodů kulturních statků obětí II. světové války, o.p.s.